Foot-and-mouth disease viruses are often restricted to specific geographical regions and spread to new areas may lead to significant epidemics. Phylogenetic analysis of sequences of the VP1 genome region of recent outbreak viruses from Libya and Saudi Arabia has revealed a lineage, O-Ind-2001, normally found in the Indian subcontinent. This paper describes the characterization of field viruses collected from these cases and provides information about a new real-time RT-PCR assay that can be used to detect viruses from this lineage and discriminate them from other endemic FMD viruses that are co-circulating in North Africa and western Eurasia.
Ibrahim Eldaghayes(12-2014)

Aims: The aim of the study was to characterize a spirochaete isolated from thelesions of a cow with digital dermatitis (DD).Methods and Results: The characterization was on the basis of its light andelectron microscopic appearance, enzymic profile and DNA sequence analysisof its flagellin and 16S rRNA genes. The spirochaete was 6–8-lm long and 0Æ2–0Æ3 lm in diameter, and possessed seven to eight periplasmic flagella, withthree to five helical turns. The enzymic profile of the bacterium resembles, butis not identical to that of Treponema brennaborense. Its flagellin gene sequencewas identical to that of Treponema phagedenis but distinct from that of anovine spirochaete. Analysis of a 1477-bp region of the 16S rRNA genes indica-ted that this is a Treponema species and that it is indistinguishable from someisolates made from cases of bovine DD in the United States. Finally, electronmicroscopy revealed the presence of myovirus-like bacteriophage particles in allcultures of the treponeme examined.Conclusions: The spirochaete isolate was identified as a Treponema species clo-sely related to some isolates from the United States (by 16S rDNA) and to T.phagedenis (by flagellin gene sequence) and is associated with bacteriophageparticles.Significance and Impact of the Study: The fact that the isolates with the sameor very similar 16S rDNA sequences have been obtained from cases of bovineDD in cattle in different countries at different times, lends further support tothe hypothesis that treponemes play a role in the pathogenesis of this disease arabic 10 English 72
Abdulgader Dhawi Alfitouri Dhawi(1-2021)

يحتوي جنس بكتريا الضمة على عدة أنواع من السلالات الغذائية الممرضة والتي تسبب عدة أعراض سريرية مختلفة منها التسمم الدموي او انتان دموي septicemia والكوليراcholera والتهابات بسيطة للمعدة والأمعاء gastroenteritis. والعديد من سلالة الضمات مرتبط انتقالها بالغذاء مثال: ضمة كوليرا او الضمة الهيضيةVibrio cholerae ضمة باراهيمولاتكس Vibrio parahemolyticus, وضمة فالنفيكيس Vibrio vulnificus المسببة لإسهال بسيط مقارنة بالتي تحدثه الكوليرا. إجمالي عدد93 عينة من مأكولات بحرية واللحوم الحيوانية ومنتجاتها. والتي تشمل عدد 46 عينة من مأكولات بحرية (21 جمبريshrimps و 5 بلبوشclam و 8 سردينsardine و1 شولا amberjack و1 كلب بحرshark و 2 فروج dusky grouper و 2 صبارصannular sea bream و1 ابرة البحرsea needle و1 دندنشي commen dentex و4 كواليmackerel ) وعدد 34 عينة لحوم خام (9 لحم إبل، 10 لحم بقر، 6 لحم ضأن و 9 لحم دجاج). واشتملت الدراسة ايضا على عدد 13 عينة من المنتجات الحيوانية (2 نقانق لحم بقر، 5 شرائح برجر لحم بقر، 5 شرائح برجر لحم دجاج و عينة واحدة كباب)، تم جمعها من مناطق جغرافية مختلفة بليبيا وهي ( طرابلس، رقدا لين، جنزور، وطبرق شملتها هذه الدراسة). كل العينات المذكورة تعرضت للتحليل الميكروبي لتحديد العدد البكتيري الوسطيmean bacterial count لمستعمرات الضمات بأجراء عزل سلالة الضمات بالزرع التقليدي conventional culturalوكذلك إجراء اختبار البلمرة والتسلسل الجينيPCR and sequencing of 16SrDNA للعينات الموجبة. أظهرت النتائج أن عدد 48 عينة من أصل 93 عينة بنسبة (51.6%) والتي تم زرعتها علي وسط TCBS) thiosulfate-citrate-bile salts-sucrose agar) اظهرت مستعمرات بكتيرية يعتقد انها لسلالة الضمات. كذلك أن 27 عينة من أصل 46 عينه من مأكولات بحرية بنسبة (58.7%), أظهرت مستعمرات بكتيرية يعتقد انها لسلالة الضمات علي وسط TCBS. بينما قد وجد 21 عينة فقط من اصل 47عينة بنسبة ((44.6%من اللحوم ومنتجاتها اظهرت مستعمرات بكتيرية يعتقد انها لسلالة الضمات علي وسط .TCBS من خلال زرع عينات مأكولات بحرية, وجد أعلى نسبة من العدد البكتيري الوسطيmean bacterial count كانت في البلبوشclam بنسبة 3.8x 104 CFU/g)) وقيمة انحراف معياري standard deviation value كان (2.3x104 CFU/g). ومن جهة اخري عينات برجر لحم دجاج اظهرت اعلي نسبة من العدد البكتيري الوسطي كانت (6.5x104 CFU/g) وقيمة انحراف معياري standard deviation valueكان (1.7x104 CFU/g). هذا وأظهرت البلمرة والتسلسل الجيني ان 11عينة من أصل 48 بنسبة (22.9%) كانت من سلالة الضمات المختلفة، كما تم عزل ضمة باراهيمولاتيكس Vibrio parahemolyticus من لحم الإبل ويعد هذا أول مرة تعزل في ليبيا. من جهة اخري وجد ان 28 عينة والتي (يعتقد انها من سلالة الضمات) من اصل 48 بنسبة (58.33%) التي تم فحصها باختبار البلمرة والتسلسل الجيني اظهرت عديد من الميكروبات المختلفة. مع العلم ان هناك 9 عينات والتي( يعتقد انها من سلالة الضمات) من اصل 48 بنسبة (18.75%) كانتoverlapped peaks قمة التداخل وغير مفضلة في اختبار البلمرة والتسلسل الجيني. بالإضافة فقد وجد ان اكثر البكتيري شيوعا بالفحص هي : Proteus spp., Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Enterobacter spp. هذه النتائج ربما ترجع الي العديد من العوامل مثل التلوث البيئي اثناء اعدادها وتخزينها ونقلها وبيعها. و باختصار تعتبر هذه الدراسة خطوة مستقبلية أولية في ليبيا للاتجاه بخطى حثيثة باستخدام اختبار البلمرة والتسلسل الجيني في مأكولات بحرية واللحوم ومنتجاتها.
عماد الدين الهادي الفلاني (2015)